Beberapa fosil hidup hewan purba yang bisa ditemukan di Indonesia diantaranya adalah:
1 Komodo
Komodo merupakan spesies reptil purba endemik yang hidup semenjak zaman purba. Evolusi komodo dimulai dengan genus Varanus yang mulai berkembang di Asia antara 40-25 juta tahun yang lalu. Komodo adalah kerabat dekat dari dinosaurus. Hal ini dilihat dari ditemukannya fosil-fosil dari jenis dinosaurus tertentu yang menunjukkan kemiripan struktur tubuh dengan komodo. Dinosaurus sudah lama punah tetapi Komodo sampai sekarang masih ada. Komodo disebut sebagai Dinosaurus terakhir di dunia. Hewan satu masa dengan dinosaurus ini dikenal sebagai kadal karnivora namun mereka juga hewan kanibal karena kadang mereka memangsa anak-anak mereka. Komodo (Varanus komodoensis) adalah jenis kadal terbesar. Tercatat Komodo terbesar yang pernah ada memiliki panjang 3,13 meter dan berat 166 kilogram. Komodo dapat ditemukan di Pulau Komodo dan pulau-pulau kecil di sekitarnya di Provinsi Nusa Tenggara Timur. Habitat asli Komodo hanya bisa ditemukan di kepulauan Indonesia ini dan tidak ada di belahan dunia lain.
2 Penyu Belimbing
Penyu belimbing atau Dermochelys Coriacea disebut telah mendiami Bumi semenjak 100 juta tahun silam semasa dinosaurus merajai planet bumi. Penyu belimbing adalah jenis penyu terbesar. Berat penyu belimbing bisa mencapai 900 kg, dengan panjang badan sekitar satu setengah hingga dua meter. Tidak seperti penyu lainnya, penyu belimbing tidak memiliki karapas keras. Karapasnya seperti sebuah mosaik dari tulang-tulang kecil yang keras, kulitnya elastis dengan punggung membujur. Penyu belimbing dapat ditemukan dari perairan tropis hingga ke lautan kawasan sub kutub dan biasa bertelur di pantai-pantai di kawasan tropis. Penyu belimbing hanya makan ubur-ubur, dan hanya ada sedikit tempat di dunia yang dipilihnya untuk bertelur. Salah satu tempat bertelurnya ada di Pantai Jamursba Medi dan Warmon terletak di Utara Kepala Burung Provinsi Papua Barat, Distrik Abun, Kabupaten Tambrauw. Penyu belimbing mempunyai kebiasaan berkeliling dunia menjelajahi berbagai wilayah di belahan bumi ini.
3 Ikan Coelacanth
Ikan Coelacanth diduga sudah ada sejak era Devonian sekitar 380 juta tahun silam, hingga kini bentuknya tidak berubah. Coelacanth adalah ikan purba yang berasal dari sebuah cabang evolusi tertua yang masih hidup dari ikan berahang. Sebelumnya, ikan tersebut sempat diperkirakan sudah punah sejak akhir masa Cretaceous 65 juta tahun lalu. Tapi kemudian ternyata ikan ini ditemukan masih hidup. Ikan ini hanya hidup di perairan Afrika Selatan bagian barat dan perairan Indonesia timur masing-masing disebut Latimeria chalumnae dan Latimeria menadoensis. Di Indonesia ikan purba Coelacanth dapat ditemukan di perairan Talise, Minahasa Utara dan perairan Malalayang, Teluk Manado, Sulawesi Utara. Habitat ikan Coelacanth berada pada kedalamanan lebih dari 180 meter dengan suhu maksimal 18 derajat Celsius. Di Indonesia, khususnya di sekitar perairan Manado dan Minahasa Utara, spesies ini oleh masyarakat lokal dinamai ikan raja laut.
